Προσφυγή το ΣτΕ έκαναν σύλλογοι και πολίτες κατά της σύστασης της ειδικής επιτροπής με εμπειρογνώμονες από την Ελλάδα και την ΠΓΔΜ που μελετούν τις αλλαγές στις εκδόσεις των νέων σχολικών βιβλίων.
Συγκεκριμένα, η προσφυγή, σύμφωνα με το ΑΠΕ-ΜΠΕ, έγινε από την Παμμακεδονική Συνομοσπονδία, την Παμμακεδονική Ένωση Μακεδονικού Αγώνα Ελλάδος-Αυστραλίας, τον Σύλλογο Γονέων και Κηδεμόνων Δημοτικού Σχολείου Δήμου Μουρικίου και από έναν γονέα δύο ανήλικων παιδιών.
Η υπουργική απόφαση της οποίας την ακύρωση ζητούν εκδόθηκε μετά τη Συμφωνία των Πρεσπών και προβλέπει ότι η Μεικτή Διεπιστημονική Επιτροπή θα εξετάσει και θα αναθεωρήσει αν χρειαστεί τα σχολικά βιβλία και θα εξετάζει τις νέες εκδόσεις τους.
Αυτό που υποστηρίζουν οι ενώσεις είναι ότι ελλοχεύει κίνδυνος βλάβης του δημοσίου συμφέροντος από την εκτέλεση της απόφασης αυτής, καθώς μπορεί να μεταβληθούν στοιχεία της εθνικής μας κληρονομιάς ενώ σύμφωνα με τους ίδιους προσβάλλεται ευθέως το συμφέρον της Ελλάδας και των Ελλήνων.